Mısır’da 3 Temmuz 2013'te Mursi iktidarına karşı gerçekleşen askeri darbeye Türkiye'nin gösterdiği tepki ikili ilişkilerin hızlıca gerilemesine yol açmıştı. Karşılıklı olarak geri çekilen büyükelçilerin tekrar görevlerine döneceği sırada, 23 Kasım 2013'te Mısır Türkiye'nin Büyükelçisini “persona nongrata” (istenmeyen kişi) ilan ederek diplomatik ilişkilerin seviyesini düşürdü.
Mısır Cumhurbaşkanı Sisi, 6 Şubat 2023 depremleri sonrası Cumhurbaşkanı Erdoğan'ı telefonla arayarak geçmiş olsun dileklerini iletti.